DidaWiki

Questo progetto è in versione ristretta per chi sostiene la prova scritta o prepara un seminario.

Questo progetto sostituisce l'esame scritto del corso o il seminario, e non necessita la presentazione del mini-progetto.

Il progetto utilizza un file di input contenente stringhe di lunghezza prefissata k, che rappresentano i k-meri ottenuti dalle “read” dell'High Throughput Sequencing (HTS) su sequenze di DNA. Tali k-meri definiscono un grafo di de Bruijn come descritto nei lucidi del corso: lucidi .

Il progetto richiede di:

• Scaricare uno dei file di input, dove k=99: 10^5 read, 10^6 read, 10^7 read (fonte:https://github.com/felipelouza/egap/tree/master/dataset)
• Costruire il corrispondente grafo di de Bruijn (per fare una prova utilizzare questi read con k=9: small read).
• Trovare, se esiste, un ciclo Euleriano del grafo stampando la rispettiva sequenza di caratteri.