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| matematica:asd:asd_15:vuoto [16/05/2016 alle 13:30 (9 anni fa)] – Roberto Grossi | matematica:asd:asd_15:vuoto [16/05/2016 alle 13:36 (9 anni fa)] (versione attuale) – Roberto Grossi |
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| Le strutture secondarie sono etichettate come HELIX e SHEET e i loro campi di interesse sono "serNum" (è il riferimento incrociato unico menzionato sopra), "initSeqNum" (identifica l'inizio della sequenza dei residui) e "endSeqNum" (identifica l'inizio della sequenza dei residui). | Le strutture secondarie sono etichettate come HELIX e SHEET e i loro campi di interesse sono "serNum" (è il riferimento incrociato unico menzionato sopra), "initSeqNum" (identifica l'inizio della sequenza dei residui) e "endSeqNum" (identifica la fine della sequenza dei residui). |
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| Per chiarire la connessione tra i campi suddetti nelle strutture secondarie [A. Conte]: resSeq è l'identificatore del residuo (amminoacido) a cui appartiene l'ATOM in questione. Una HELIX o uno SHEET coinvolgono un certo numero di residui consecutivi, che vanno appunto da initSeqNum fino a endSeqNum. Se nella colonna initSeqNum c'è un valore x e in endSeqNum c'è il valore y, tutti gli ATOM aventi "resSeq" con valore compreso tra x e y (inclusi) ne fanno parte.(Per inciso, gli atomi che non fanno parte di una HELIX o uno SHEET contribuiscono alla cosiddetta random coil.) | Nota (a cura di A. Conte). Per chiarire la connessione tra i campi suddetti nelle strutture secondarie: resSeq è l'identificatore del residuo (amminoacido) a cui appartiene l'ATOM in questione. Una HELIX o uno SHEET coinvolgono un certo numero di residui consecutivi, che vanno appunto da initSeqNum fino a endSeqNum. Se nella colonna initSeqNum c'è un valore x e in endSeqNum c'è il valore y, tutti gli ATOM aventi "resSeq" con valore compreso tra x e y (inclusi) ne fanno parte.(Per inciso, gli atomi che non fanno parte di una HELIX o uno SHEET contribuiscono alla cosiddetta random coil.) |
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| Utilizzando le informazioni sopra è possibile, per chi vuole, restringere gli isomorfismi rendendo compatibili due vertici che corrispondono agli atomi che sono entrambi nello stesso tipo di struttura secondaria (HELIX o SHEET). | Come menzionato sopra, utilizzando le informazioni sopra è possibile restringere gli isomorfismi, rendendo compatibili due vertici che corrispondono ad atomi che sono entrambi nello stesso tipo di struttura secondaria (HELIX o SHEET). |
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| Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intevallo | Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intevallo |
| * [1 , 2] : legame covalente | * [1 , 2] : legame covalente |
| * (2 , 3.2] : legame non covalente | * (2 , 3.2] : legame non covalente |
| * l'arco non esiste se la distanza è inferiore a 1, che viene considerata rumore, oppure se la distanza è superiore a 3.2 angstrom. | * altrimenti, l'arco non esiste (la distanza è inferiore a 1, che viene considerata rumore, oppure la distanza è superiore a 3.2 angstrom e le forze sono troppo deboli). |
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| Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM | Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM |
