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--- matematica:asd:asd_15:progetto_15 [16/05/2016 alle 13:56 (10 anni fa)] – Roberto Grossi
+++ matematica:asd:asd_15:progetto_15 [16/05/2016 alle 19:40 (10 anni fa)] (versione attuale) – Roberto Grossi
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   * Un estratto della documentazione sul formato dei file presi da PDB è disponibile tramite {{:matematica:asd:asd_15:estrattodocpdb.pdf|questo link}}.
-Il grafo va costruito da un file di testo PDB come segue. I **vertici** sono gli atomi, descritti nelle linee ATOM. I campi di interesse sono "serial" (identificatore unico dell'atomo), "x", "y", "z" (sue coordinate cartesiane in angstrom) e "element" (simbolo dell'elemento associato all'atomo).
+Il grafo va costruito a partire da un file di testo PDB come segue. I **vertici** sono gli atomi, descritti nelle linee ATOM. I campi di interesse sono "serial" (identificatore unico dell'atomo), "x", "y", "z" (sue coordinate cartesiane in angstrom) e "element" (simbolo dell'elemento associato all'atomo).
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 {{:matematica:asd:asd_15:helixsheet.jpg?600|}}
-Nota (a cura di A. Conte). Per chiarire la connessione tra i campi suddetti nelle strutture secondarie: resSeq è l'identificatore del residuo (amminoacido) a cui appartiene l'ATOM in questione. Una HELIX o uno SHEET coinvolgono un certo numero di residui consecutivi, che vanno appunto da initSeqNum fino a endSeqNum. Se nella colonna initSeqNum c'è un valore x e in endSeqNum c'è il valore y, tutti gli ATOM aventi "resSeq" con valore compreso tra x e y (inclusi) ne fanno parte.(Per inciso, gli atomi che non fanno parte di una HELIX o uno SHEET contribuiscono alla cosiddetta random coil.)
+Nota (a cura di A. Conte). Per chiarire la connessione tra i campi suddetti nelle strutture secondarie: resSeq è l'identificatore del residuo (amminoacido) a cui appartiene l'ATOM in questione. Una HELIX o uno SHEET coinvolgono un certo numero di residui consecutivi, che vanno appunto da initSeqNum fino a endSeqNum. Se nella colonna initSeqNum c'è un valore x e in endSeqNum c'è il valore y, tutti gli ATOM aventi resSeq con valore compreso tra x e y (inclusi) ne fanno parte. (Per inciso, gli atomi che non fanno parte di una HELIX o uno SHEET contribuiscono alla cosiddetta random coil.)
-Come menzionato sopra, utilizzando le informazioni sopra è possibile restringere gli isomorfismi, rendendo compatibili due vertici che corrispondono ad atomi che sono entrambi nello stesso tipo di struttura secondaria (HELIX o SHEET).
+Come menzionato prima, utilizzando le informazioni sopra è possibile restringere gli isomorfismi, rendendo compatibili due vertici che corrispondono ad atomi che sono entrambi nello stesso tipo di struttura secondaria (HELIX o SHEET).
-Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intevallo
+Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intervallo
-  * [1 ... 2] : legame covalente
+  * [1 ... 2] : legame covalente;
-  * (2 ... 3,2] : legame non covalente
+  * (2 ... 3,2] : legame non covalente;
-  * l'arco non esiste se la distanza è inferiore a 1, che viene considerata rumore, oppure se la distanza è superiore a 3.2 angstrom.
+  * altrimenti : l'arco non esiste (la distanza è inferiore a 1, che viene considerata rumore, oppure la distanza è superiore a 3,2 angstrom e le forze sono troppo deboli).
 Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM.
 Suggerimento. Ogni volta che viene trovato un SICC più grande, conviene stamparne subito la dimensione, in modo che il programma possa essere interrotto dopo un'ora senza perdere l'informazione calcolata fino a quel momento.