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matematica:asd:asd_15:vuoto [16/05/2016 alle 06:24 (8 anni fa)] Roberto Grossi |
matematica:asd:asd_15:vuoto [16/05/2016 alle 13:36 (8 anni fa)] (versione attuale) Roberto Grossi |
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Linea 17: | Linea 17: | ||
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- | Volendo, si possono utilizzare altre informazioni per tagliare via gli isomorfismi meno interessanti, | + | Volendo, si possono utilizzare altre informazioni per tagliare via gli isomorfismi meno interessanti, |
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- | Le strutture secondarie sono etichettate come HELIX e SHEET e i loro campi di interesse sono " | + | Le strutture secondarie sono etichettate come HELIX e SHEET e i loro campi di interesse sono " |
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+ | Nota (a cura di A. Conte). Per chiarire la connessione tra i campi suddetti nelle strutture secondarie: resSeq è l' | ||
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+ | Come menzionato sopra, utilizzando le informazioni sopra è possibile restringere gli isomorfismi, | ||
Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intevallo | Gli **archi** del grafo da costruire sono implicitamente definiti dalla seguente regola: due vertici hanno un legame se la loro distanza euclidea in angstrom è nell’intevallo | ||
* [1 , 2] : legame covalente | * [1 , 2] : legame covalente | ||
* (2 , 3.2] : legame non covalente | * (2 , 3.2] : legame non covalente | ||
- | * l'arco non esiste | + | * altrimenti, |
Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM | Nota. In alcuni file PDB, la proteina può essere stata replicata più volte: in tal caso è sufficiente prendere soltanto la componente connessa a partire dal primo vertice ATOM |